وكان ضريح السيدة سكينة قبل عهد الخديوي عباس الثاني منخفضا عن سطح الأرض ، فرفع الضريح إلى ما يقرب من مستوى سطح المسجد ، وأحيط بمقصورة من النحاس شبيهة بالموجودة في مشهد السيدة نفيسة رضي اللّه عنها . . كما جدّد الخديوي عباس ذلك الضريح ومسجد السيدة نفيسة ، وما زالت تلك التجديدات موجودة إلى الآن ، ثم قامت وزارة الأوقاف بآخر عمارة للمسجد وللضريح ، على الشكل الذي نراه عليه الآن .